Las aguas de la Península de Yucatán resguardan numerosos vestigios de Patrimonio Cultural Subacuático (PCS). Actualmente, la Subdirección de Arqueología Subacuática (SAS) cuenta con tres proyectos en esta área, que abarcan la investigación del periodo prehistórico y cuyos análisis han permitido obtener información que se remonta hasta el origen del hombre en América.

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-Proyecto Arqueológico Subacuático Hoyo Negro, Quintana Roo

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-Proyecto Atlas Arqueológico Subacuático de Cenotes, Cuevas Inundadas, Semiinundadas, y otros Cuerpos de Agua Continentales de la República Mexicana

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-Proyecto Integral para la Protección, Conservación, Investigación y Difusión del Patrimonio Cultural Sumergido de la Península de Yucatán